Diagnostic SCAR-PCR assay for Colletotrichum clavatum, the causal agent of olive anthracnose in southern Italy

nthracnose is the most important fungal disease of oli- ve fruit worldwide. It is caused by several species of Colletotrichum formerly included collectively in the C. gloeosporioides, C. boninense and C. acutatum species complexes. In southern Italy, the main causal agent of this disease has been identified as C. clavatum (syn. C. godetiae), a recently described species, within the C. acutatum species complex. With the aim of devising a molecular diagnostic method for the rapid detection of this pathogen, we examined a collection of Collethotrichum isolates primarily from olive. Exploiting the results of a RAPD analysis, we identified a unique DNA fragment of ~2.5 Kbp that was present in C. clavatum and not in other species of the C. gloeosporioides, C. boninense and C. acutatum species complexes. Cloning and se- quencing of this band permitted the design of specific diagnostic primers for identification of C. clavatum.

L’antracnosi rappresenta la più importante malattia fungina che colpisce le drupe dell’olivo in tutto il mondo. È causata da diverse specie del genere Colletotrichum, precedentemente incluse in C. gloeosporioides sensu lato, C. boninense s.l. e C. acutatum s.l. Nell’Italia meridionale, l’agente causale prevalentemente associato a questa malattia è C. clavatum (syn. C. godetiae), una nuova specie recentemente descritta e inclusa in C. acutatum s.l. Al fine di mettere a punto un metodo di diagnosi molecolare, è stata esaminata mediante RAPD-PCR una collezione di isolati di Colletotrichum ottenuti principalmente da olivo. L’analisi RAPD-PCR ha permesso l’individuazione di un amplicone di circa 2,5 kbp presente esclusivamente in C. clavatum e non riscontrato in C. acutatum s.l., C. gloeosporioides s.l. e C. boninense s.l. Il clonaggio e il se- quenziamento di questo amplicone hanno consentito di progettare primer specifici per l’identificazione di C. clavatum.