Campioni di biopsia endometriale, prelevati mediante isteroscopia da soggetti infertili, entro il decimo giorno del ciclo sono stati sottoposti a caratterizzazione molecolare. In dettaglio, previo isolamento del DNA genomico totale, specifiche regioni del gene 16S rRNA sono state sottoposte a sequenziamento. I dati ottenuti sono stati elaborati utilizzando uno script personalizzato basato sulla suite del software QIIME, le coppie di letture sono state assemblate e le sequenze ottenute sono state screenate mediante controllo di qualità. Le unità tassonomiche operative (OTUs) del 16S rRNA, sono state definite usando uclust inoltre tutte le sequenze sono state classificate al livello tassonomico più basso possibile utilizzando QIIME e un dataset di riferimento dal database SILVA. Il microbiota endometriale è stato studiato a livello di phylum, famiglia e genere.
RUOLO DEI LATTOBACILLI NELL’ECOSISTEMA MICROBICO ENDOMETRIALE IN PAZIENTI INFERTILI
Alessandra Pino;Emanuela Bartolo;Antonio Cianci
;Cinzia L. Randazzo
2018
Abstract
Campioni di biopsia endometriale, prelevati mediante isteroscopia da soggetti infertili, entro il decimo giorno del ciclo sono stati sottoposti a caratterizzazione molecolare. In dettaglio, previo isolamento del DNA genomico totale, specifiche regioni del gene 16S rRNA sono state sottoposte a sequenziamento. I dati ottenuti sono stati elaborati utilizzando uno script personalizzato basato sulla suite del software QIIME, le coppie di letture sono state assemblate e le sequenze ottenute sono state screenate mediante controllo di qualità. Le unità tassonomiche operative (OTUs) del 16S rRNA, sono state definite usando uclust inoltre tutte le sequenze sono state classificate al livello tassonomico più basso possibile utilizzando QIIME e un dataset di riferimento dal database SILVA. Il microbiota endometriale è stato studiato a livello di phylum, famiglia e genere.I documenti in IRIS sono protetti da copyright e tutti i diritti sono riservati, salvo diversa indicazione.
