Commentando Aristotele, Phys. II 4, 6 e 8, Filopono assume costantemente Empedocle come modello di tutta una tradizione filosofica che individua nella materia e nel caso i principi sia dell’universo sia degli enti particolari. Filopono è d’accordo con Aristotele nel ritenere assurda la posizione dei materialisti, che considerano il caso non soltanto come causa degli enti che divengono sempre o per lo più allo stesso modo, tra i quali talvolta si verificano casi di enti che si generano contro natura, ma anche come causa dei corpi celesti, che si muovono di movimenti sempre identici e tra i quali non si osservano casi di contro natura. Ma se nella Fisica Aristotele ha opposto a questa posizione teorica la sua nozione di natura come causa finale, Filopono oppone al caso dei fisiologi materialisti la provvidenza, che egli chiama anche “provvidenza della natura” e che differenzia come natura universale e natura particolare. Pur utilizzando un concetto non aristotelico, gli argomenti di Filopono sono il frutto di un’eccellente esegesi di Aristotele, e persino l’esclusione del contro natura nell’ambito della natura universale sembra riconducibile a quanto Aristotele insegna nel De generatione animalium